از مهم‌ترین شاخصه‌های معرفت‌شناسی حضرت امام خمینی، جامعیت و تضلّع ایشان بر علوم اسلامی است. اگر تنها به عناوین آثاری که این فقیه مکتب آل‌محمد نگاشته است نظری بیفکینیم، خواهیم دید که از مباحث پر پیچ و خم اصول فقه تا تقریرات فلسفی، از شرح احادیث معصومین تا آثار قوی عرفانی، در کارنامه علمی امام امت، حضرت روح‌الله وجود دارد.
یکی برجسته‌ترین وجوه شخصیتی ایشان، بُعد عرفانی و حیات عارفانه‌شان است، بسیاری از کتب امام خمینی و کلاس‌های ایشان را مباحث عمیق و بدیع عرفانی در بر گرفته به طور که این عرفان بر فقه و فلسفه ایشان و حتی حیات سیاسی حضرت امام اثرات فراوانی گذاشته است. برای آنکه بهتر این شاخصه شخصیتی امام خمینی را درک و فهم کنیم، شایسته است مکتب عرفانی‌ای که ایشان پرورش یافته آن است را بشناسیم.
به طور کلی 2 مکتب عرفانی در جان تشیع از شهرت و معروفیت خاصی برخوردارند که هر یک دارای نمایندگان مهم و برجسته‌ای است که نامشان برای کمتر مسلمان شیعه‌ای غریب و ناآشنا است. اولین آنها مکتب اخلاقی نجف است که کسانی چون ملا حسینقلی همدانی و سید علی قاضی در آن جای می‌گیرند و نمایندگان آن به سلوک معنوی و اخلاقی، توجه ویژه ای داشته اند. و در مقابل شاهد مکتب عرفانی تهران هستیم که بزرگانی نظیر محمدرضای قمشه ای و ابوالحسن رفیعی قزوینی، متعلق به آن هستند.
منظور از مکتب تهران، طبقاتی از رجال و علمای دوره قاجار و پس از آن است که بیشتر به مطالعه حکمت و عرفان میپرداخته اند. چهره های شاخص این مکتب که در عرفان اسلامی نیز دست داشته اند، همانطور که گذشت عبارتند از: آقا محمدرضا قمشه ای، میرزا هاشم اشکوری، میر شهاب الدین نیریزی، میرزا محمود مدرس قمی، میرزا حسن کرمانشاهی، میرزا طاهر تنکابنی، ملا نظرعلی طالقانی، حکیم آقابزرگ شهیدی، میرزا احمد آشتیانی، میرزا مهدی آشتیانی، میرزا محمدعلی شاه آبادی، سید محمدکاظم عصار، شیخ محمدکاظم ربانی تربتی، شیخ محمدحسین فاضل تونی، سید ابوالحسن رفیعی قزوینی، شیخ محمدتقی آملی، میرزا ابوالحسن شعرانی و ...؛
منظور از مکتب یا طریقه اخلاقیون نجف نیز طبقاتی از رجال و علمای دوره قاجار و پس از آنند که به سلوک معنوی و اخلاقی توجه داشته اند. چهره های شاخص این مکتب عبارتند از: سید علی شوشتری، آخوند ملا حسینقلی همدانی، سید احمد کربلایی، سید مرتضی کشمیری، شیخ محمد بهاری، میرزا جواد ملکی تبریزی، سید علی قاضی طباطبایی، سید محمدحسین طباطبایی، سید محمدحسن الهی طباطبایی، شیخ حسنعلی نجابت، سید هاشم حداد، سید حسن مسقطی و ... . عرفان شیعی معاصر، منحصر به دو مکتب نجف و تهران است.
این دو مکتب علی‌رغم تشابهاتی که دارند از تفاوت‌ها و اختلاف مشرب نیز برخوردارند، امام خمینی به نوعی از هر دوی آنها تغذیه کرده است اما به طور کلی ایشان را باید در فضای عرفانی مکتب تهران بر شمرد.
معروفترینِ استادان مورد توجه حضرت امام در عرفان و اخلاق عبارتند از مرحوم میرزا جواد ملکی تبریزی و مرحوم میرزا علی محمد شاه آبادی. درباره شاگردی امام خمینی از محضر مرحوم میرزا جواد آقا ملکی تبریزی نمیتوان با قطعیت سخن گفت. گرچه بنابر مقدمه رساله لقاء الله که سید احمد فهری آن را نگاشته و در زمان حیات امام منتشر شده و حضرت امام و دفتر ایشان موضعی در برابر آن اتخاذ نکرده اند، امام خمینی پس از ورود به قم در درس اخلاق مرحوم ملکی تبریزی حاضر می شود، اما در سایر مراجعی که درباره حیات مرحوم میرزا جواد نگاشته شده نامی از حضرت امام در فهرست شاگردان ایشان نیست؛ ضمن آنکه خود امام در چند جایی که از مرحوم میرزا جواد آقا ملکی و آثار ایشان یاد می کند. از او با عنوان استاد خود یاد نمیکند؛ بلکه با عباراتی مانند «قال بعض المشایخ من ارباب السیر و السلوک» (تفسیر سوره حمد،امام خمینی(س)،ص 203) و «شیخ جلیل القدر، عارف باللَّه» ( همان ص 40) یادمیکند. به فرض قبول حضور مداوم امام در مجلس درس مرحوم ملکی، باید توجه داشت که مدت این حضور کمتر از سه سال بوده است؛ زیرا امام به سال 1301ق وارد قم میشوند و مرحوم ملکی به سال 1304ق از دنیا میروند.
اما در باب شاگردی امام در محضر مرحوم شاه آبادی قضیه قطعی است. امام در آثار خود از مرحوم شاه آبادی با احترام فراوان یاد می کند. شیخ بزرگوار (همان ص: 52 و 316)، شیخ عارف (همان: 141)، شیخ عارف کامل (همان: 152)، شیخ جلیل ما (همان: 67)، شیخ عظیم الشأن (همان: 174) و مانند آن می ستاید و بر استفاده از درس او تصریح دارد.
کافی است که آثاری چون شرح چهل حدیث یا شرح حدیث جنود عقل و جهل نظر بیندازیم تا ببینیم امام خمینی تا چه حدی از استاد خویش، مرحوم شاه‌آبادی سخن به میان آورده است. از مهم‌ترین ویژگی‌های مکتب عرفانی تهران اقتضای اجتماعی بودن آن به شکل گسترده است. نمایندگان مکتب تهران مانند عرفای عزلت‌پیشه و شب‌نشینان وادی‌السلام نبودند، بلکه در حد بسیار زیادی سعی داشتند در جامعه بروز و ظهور داشته باشند و اساساً عرفان و تهذیب نفس را مقدمه اصلاح اجتماع و مردم بر می‌شمردند.
حضور مرحوم شاه‌آبادی در نماز جماعت بازار تهران را نباید یک فعل عادی بینگاریم که توسط یک معمم صورت گرفته است، بلکه این کار از عرفان و مشی سلوکی ایشان نشأت گرفته است. امام نیز چون استادش بسیار به اجتماعی بودن ظهورات عرفان و سلوک توحیدی توجه داشتند واساساً نگاه معارفی ایشان به مقوله انقلاب دال بر همین مسأله است.
